化學工程與生物科技學系，英文名稱為Department of Chemical Engineering and Biotechnology。
本系通過IEET工程與科技教育認證，培育學生成為優秀科學家、工程師與產業的將帥。
本系之課程規劃分成二領域：
- 化學工程：在新興產業中如半導體製程、光電高分子材料、生物科技及能源技術等，均牽涉到許多化工相關知識。
- 生物科技：涵蓋生命、生化、植物科技、醫學、藥物、食品、醫材與生醫工程等領域。
本系擬招收有志於化學工程、生物科技等專業相關知識，並培育有志成為高科技產業工程師之學生，領域包含化工技術、再生能源、尖端光電、高分子材料、生物科技、生物醫學與食品技師等，著重跨領域學習及實務操作，以強化產業經驗與就業優勢。
為提升高等教育品質，培育跨領域人才，提高就業競爭力，推動跨領域學程，接軌國際發展趨勢，透過化學工程學系及生物工程學系的系所整併，進行師資、課程、設備、空間等資源的整合，使新學程得以專業優勢互補而更趨於完整，以創造新學程優質、精緻、跨領域之特色。
【教育目標】
化學工程與生物科技學系的教育目標為：
- 培育學生具備化學工程與生物科技基礎知識以建立永續學習的能力。
- 強調學生由實作中學習、培養發現問題及解決問題之能力，並啟發創新思維，進而培育創新事業的人才。
- 加強學生團隊合作和跨領域學習能力。
- 教育學生具備工程倫理及國際視野並勇於承擔社會責任。
【核心能力】
化學工程與生物科技學系的大學部-核心能力為：
- 運用數學、科學及工程知識能力
- 設計與執行化工生技相關實驗，以及分析與解釋數據知能力
- 執行化工生技實務所需技術、技巧及使用現代工具的能力
- 設計化工生技之系統、元件或製程之能力
- 具備計畫管理、有效溝通與團隊合作之能力
- 發掘、分析、應用研究成果及因應複雜且整合性工程問題之能力
- 認識時事議題、瞭解化工生技之技術對環境、社會及全球的影響，並培養持續學習的習慣與能力
- 理解及應用專業倫理，認知社會責任及尊重多元觀點
化學工程與生物科技學系的研究所-核心能力為：
- 運用化工生技領域之專業知識與能力
- 運用化工生技領域之專業知識以進行策畫及執行專題研究之能力
- 研讀專業資料、表達研究成果及撰寫專業論文之能力
- 運用基礎理論以創新思考及獨立解決問題之能力
- 與不同領域人員溝通、協調與整合之能力
- 具備良好的國際視野
- 具備領導、規劃及管理研究計畫的能力
- 厚植基礎能力以培養終身自我學習成長的能力
【師資與空間】
目前專任師資有教授6名、副教授7名、助理教授2名，共計15名；兼任師資有教授8名、講師3名，共計11名。
擁有大同大學實驗大樓3至8樓完整獨立的空間以及挺生大樓7至8樓完整獨立的空間，包含教室、學生公共活動空間、樂學中心、教學實驗室、貴重儀器室、教師個人研究室與教師辦公室間會議室與系所辦公室等空間。設備於教學實驗及研究部分皆有足夠之資源，提供學生與教師進行優質教學與研發環境。
【課程規劃】
《大學部》
系訂畢業總學分數不得低於128學分。最低畢業學分包括：
- 校定共同必修科目16學分
- 含系定專業必修與專業選修共計100學分
- 通識課程橫跨五大領域共12學分
《研究所》
- 碩士班研究生至少須修滿36學分，含專業課程24學分、專題實驗2學分、專題討論4學分，以及論文課程6學分。
- 博士班研究生的畢業學分為 34 學分，含專業科目18學分，專題討論4學分，以及論文課程至少12學分，且畢業前須通過英文檢定門檻或選修高等英文課程。博三上學期結束前必須通過學科考試。
- 碩士在職專班，至少須修滿 36 學分，包含專業課程18學分、專題實驗4學分、實驗研究法6學分、專題討論4學分，以及論文4學分。
【108學年度起兩系整併原因】
化學工程學系與其他學系區分的主要科目為：質能均衡、輸送現象、熱力學、反應工程、程序設計等核心課程，而與化學系相重疊的無機化學、有機化學、物理化學、生物化學、儀器分析等科目，另外許多學校也提供了與材料相關的材料科學、高分子材料、無機材料等課程。這些基礎的訓練讓化工系畢業的學生有廣闊的發展空間，不但可以處理巨觀的工程問題，生產數以噸計的產品，也可進入微觀的世界，處理奈米尺寸的尖端科學問題。
相對而言，生物科技是一個跨學門的整合性科學，包含生化工程、生物醫學、微生物學、分子生物、生物化學、遺傳學、動植物學、細胞學、免疫學、生態學、生物物理、食品生技、生物統計、生物程序與程序控制等科技學門。而新生物科技，係指由傳統生物科技所發展的關鍵技術，例如遺傳工程、蛋白質工程、細胞融合技術或代謝工程等。
兩系在各自的領域特色上具有差異性，但也具有特殊及深層的關聯性。
整併的原因包括：
- 達到教學及研究的資源整合
- 提升高等教育品質
- 培育跨領域人才，提高就業競爭力
- 推動跨領域學程，國際發展趨勢，國際上包括歐美與大陸，許多大學已將化學工程與生物科技結合成一個系所，例如英國劍橋大學的Department of Chemical and Biotechnology
,、美國的普林斯頓大學的Department of Chemical and Biological Engineering,、加州洛杉磯大學(UCLA)的Department of Chemical and Biomolecular Engineering等。兩系的整併有助於本校國際化推動。
